Mengenal Cara Kerja PCR O+ untuk Deteksi Omicron
Senin, 07 Februari 2022 -
VIRUS juga makhluk hidup, karena bisa berkembang biak dan memiliki naluri bertahan hidup, termasuk COVID-19. Hal itu dijelaskan oleh Ahli Virologi sekaligus Direktur Laboratorium KalGen Innolab, Andi Utama, Ph.D.
Menurut Andi, selagi ada tempat untuk berkembang biak, virus yang sangat bergantung pada inangnya akan selalu berevolusi lewat mutasi.
Baca Juga:
"Selama virus tersebut memiliki kesempatan berkembang biak, maka proses mutasi itu akan terus terjadi. Terlebih material genetik dari virus ini adalah RNA, di mana mutasi RNA jauh lebih cepat daripada DNA," jelas Andi seperti yang dikutip dari laman ANTARA.
Andi mengatakan, ada beragam mutasi yang menguntungkan virus maupun merugikannya. Bila mutasi tersebut tidak menguntungkan, maka virus amakan hilang. Sementara Omicron, merupakan hasil mutasi yang berhasil bertahan untuk kepentingan dari virus itu sendiri.
Proses pelacakannya juga tidak sederhana. Konsep dasar dari pengembangan mendeteksi virus karena objeknya adalah material genetik, maka ada dua cara yang dapat dilakukan. Pertama yakni mencari bagian virus yang unik dan spesifikasi mendekati SARS-CoV-2. Kedua, memilih daerah yang tidak mudah berubah atau lestari.
Dalam hal ini, kecanggihan teknologi seperti bioinformatics memiliki peran penting dalam membantu mendeteksi virus varian Omicron. Terdapat software yang mampu menjejerkan ratusan ribu dataa genom virus, serta mencari bagian genom yang lestari.
"PCR mendeteksi bagian-bagian kecil yang spesifik. Kalau Whole Genome Sequencing (WGC), mengidentifikasi semua genom virus yang konsekuensinya perlu waktu lama dan biaya besar. Tapi untuk menentukan itu varian apa, hasilnya oke. Kalau PCR, hanya mencari bagian lestari dengan bagian tertentu yang dipilih," jelas Andi.
Baca Juga:
Lulusan Jepang yang pernah melakukan penelitian di Department of Virology 2, National Institute of Infectious Disease itu pun menjelaskan, bahwa ada dua metode untuk mendeteksi varian Omicron. Kedua metode itu berdasarkan surat edaran Kementerian Kesehatan RI tahun 2021.
Pertama yakni S-Gene Target Failure (STGF). Konsepnya mencari Gen S yang tak bisa dideteksi, karena dari awal dibuatkan desai untuk virus original. Dalam hal ini, akan ada kemungkinan varian selain Omicron.
Kedua, yaitu pendekatan Single Nucleotide Polymorphism (SNP), metode yang langsung menjadikan titik mutasi sebagai target. Jadi, sangat mendekati varian omicron.
Metode tersebut dilakuan di Kalgen Innolab, salah satu anak usaha Kalbe Farma yang bergarak pada bidang pemeriksaan diagnostik, bekerjasam dengan Health Scientific Intitute di Jepang dan Toyota Tsusho Corpotation
"Metode kedua itu (SNP) kami sebut dengan PCR O+. Sudah menyasar atau lebih spesifik karena sudah kami targetkan. Sebagai tambahannya, kami menggunakan tiga gen original, maka memperkecil kemungkinan kekeliruan. Tetapi saya tekankan, kami sepakat bahwa gold standard untuk memastikan semua itu adalah WGS," terang Andi.
Menurut Andi, sebelum memutuskan memakai kit mana saja, pihaknya harus mempelajari dulu, melihat data dan konsistensi data. Karena kit yang dipilih memiliki data yang sudah dibandingkan dengan WGS. Jadi, memperlihatkan data 100 persen dan cukup konsisten dalam menduga suspek Omicron. (Ryn)
Baca Juga:
