Keluar dari Lingkaran Hitam Calciopoli
Setelah final Liga Champions, nama Collina semakin harum. Dia kembali dipercaya untuk ambil bagian di Piala Dunia 2002. Meski hanya menjadi pengadil pada tiga pertandingan, namun Collina adalah wasit pada laga final yang mempertemukan dua negara terbaik saat itu, Brasil dan Argentina.
Secara garis besar, Collina tidak melakukan kesalahan yang membuat pertandingan tak lagi asyik untuk ditonton.
Hingga 2003, ada satu final kompetisi Eropa yang belum pernah dipimpinnya, Liga Europa. Akan tetapi, UEFA memutuskan untuk mengutus Collina sebagai wasit pada final Liga Europa 2004 yang mempertemukan Valencia kontra Olympique Marseille. Ketika itu, Collina mengeluarkan satu kartu merah langsung kepada kiper wakil Prancis, Fabien Barthez.
Sepanjang 1998 hingga 2004, Collina telah dinobatkan sebagai wasit terbaik versi IFFNS sebanyak enam kali. Adapun di Italia, hingga 2005 Collina telah tujuh kali menyabet gelar wasit terbaik. Koleksi 13 penghargaan dalam sembilan tahun membuktikan jika Collina adalah wasit yang mampu memimpin pertandingan dengan tak memihak.
Ketika Collina menginjak usia 45 tahun, Fedarazione Italiana Giuoco Calcio (FIGC) mengambil langkah yang diluar kata lazim dengan menaikkan batas umur wasit menjadi 46 tahun, Dengan begitu, Collina masih dapat memimpin Piala Dunia 2006.
Akan tetapi, bagian kelam dari cerita ini baru dimulai. Pada Agustus 2005, Collina meneken kontrak sponsorship dengan Opel. Pada saat itu, Opel merupakan sponsor utama AC Milan dan FIGC melarang wasit untuk bekerja sama dengan pihak ketiga dengan alasan konflik kepentingan.
Sekali lagi integritas Collina diuji. Pada akhirnya, Collina memutuskan untuk mengundurkan diri dari profesinya sebagai wasit. Sungguh sebuah akhir yang tak seperti cerita manis di negeri dongeng.
Meski sempat menuai kontroversi, Collina tetap membuktikan kejujurannya sebagai seorang pengadil. Pada 2006, Serie A mendapat pukulan keras dengan kasus Calciopoli yang ketika itu dilakukan oleh direktur umum Juventus, Luciano Moggi. Seabrek nama wasit korup tersiar di media-media Italia. Namun tak satu pun yang menyebut nama Pierluigi Collina.
Bersama dengan wasit lainnya, Roberto Rosetti, tangan Collina tetap bersih dari Calciopoli. Bahkan, sikap Collina mencuatkan amarah Moggi yang menyebut jika sang wasit terlalu "objektif".