Karena merger tersebut, nantinya ketiga aplikasi itu akan melibatkan pengkodean ulang perangkat lunak dasar untuk memastikan mereka bisa dioperasikan sesuai rencana. Pengkodean ulang juga melibatkan pengaktifan enkripsi ujung-ke-ujung (end-to-end-encryption/E2E) pada ketiga aplikasi, menurut Mike Isaac dari New York Times.
"Kami berencana membangun pengalaman messaging terbaik yang kami bisa dan orang-orang juga ingin mengirim pesan dengan cepat, sederhana, andal dan privat," kata Facebook.
Hingga saat ini, hanya WhatsApp yang menggunakan fitur keamanan E2E. Sehingga ketika rencana ini terlaksana komunikasi pada pesan WhatsApp tidak bisa terbaca oleh siapapun, termasuk Facebook. Sehingga kemungkinan Facebook dan Instagram akan mengikuti aturan WhatsApp.
Sementara itu, Facebook Messenger hanya mendukung E2E dalam mode "percakapan aman" khusus, yang tidak aktif secara default dan harus diaktifkan secara terpisah untuk setiap obrolan, sedangkan Instagram tidak memiliki enkripsi sama sekali.