Pada awal syuting Game of Thrones season' pertama, Clarke mengalami hal yang sangat menyeramkan. Ia divonis menderita aneurisma di otak yang bisa pecah setiap saat. Aneurisma adalah pelebaran pembuluh darah yang sangat berbahaya. Maka dari itu, Clarke harus segera menjalani produser operasi otak pada umurnya yang masih 24 tahun itu. Sejak itu, Clarke memulai charity bernama SameYou untuk mendukung pasien yang mengalami penyakit struk dan penyakit otak seperti dirinya.
Selama proses syuting Game of Thrones, para pemerannya selalu berpindah-pindah. Tujuannya agar bisa mendapatkan tempat syuting yang seasli mungkin dan seindah mungkin. Clarke termasuk pemeran yang juga syuting di tempat-tempat eksoktis, seperti Croatia, Malta, Irlandia, Islandia, dan Spanyol. Ternyata seperti karakternya, Emilia juga senang traveling ke luar negeri. Bahkan di umur 16, Clarke pernah backpacking ke India dan Tibet. Bertahun-tahun kemudian dia juga sudah mengunjungi Asia Tenggara dan Afrika Selatan.